每一个末代乱世，随着中央政府控制力的下降，边疆地区往往会四分五裂趋向独立。随着新的大一统王朝的建立，待休养生息国力鼎盛之时，又会将曾经失去的边疆土地一一收回中土。康熙二十二年八月，施琅疏报师入台湾，郑克塽率其属刘国轩等迎降，台湾平。清朝开国初期，八旗骑兵陆地上横扫前朝残兵败将，但面对茫茫大海只能望洋兴叹。相对于陆军的低门槛，海军自古以来就是一个烧钱的高技术兵种。回想一下建国初期解放军陆军的所向披靡和海军无奈的小舢板，历史是何其相似。不过，任何一个中央王朝都不可能坐视自己的东南沿海留着一个“前朝”的小朝廷。安平古堡又称热兰遮城，是一座曾经存在于台南市的堡垒。安平古堡最初建于1624年，曾作为荷兰人统治台湾的中枢，也是郑氏王朝统治者的住处。康熙十六年（1677年），清朝恢复福建水师体制，督署驻厦门。清代的福建水师相当于我们今天的东海舰队，水师提督即舰队司令员，向下节制总兵，向上受总督巡抚节制。 至康熙十八年（1679年）年底，经过近三年的大规模建设，福建水师已拥有战船240艘，官兵近三万名。最开始福建水师提督由湖南岳州水师总兵万正色担任，也就是把洞庭湖水师的将领调了过来。在万提督的带领下，福建水师击败固守金门、厦门的台湾郑经部队，一举收复金厦。时任福建总督姚启圣打算趁势进攻台湾，不料姚启圣的提议却遭到水师提督万正色反对。再加上朝中一些大臣也支持万正色，康熙帝顾虑尚未解决的西南吴世璠，决定暂缓进攻。从这一时期开始，清朝实施迁界令，严重打击郑氏王朝的贸易。岛内粮食补给出现了严重问题，郑经下令每户人家每个月必须多缴一斗米，将领也必须用自己的俸禄充军，仍没办法解除危机。回到当下，当年大清的“迁界禁海”，其实就是从外部贸易的角度挤压岛内经济空间。郑氏王朝内部生变，年仅12岁的郑克塽继任延平王，冯锡范、刘国轩掌握实权，郑氏官员向心力开始动摇。姚启圣认为是时候进攻台湾了，但万正色仍然反对出兵，于是姚启圣果断向康熙帝推荐施琅。康熙帝也不满万正色反战，遂任命施琅担任水师提督，万正色调任陆师提督。当时福建沿海的作战兵力一度高达15万，包括水师3万人，步兵12万，俱受姚启圣节制。在经历了两年的准备工作后，康熙二十二年（1683年）六月，施琅率福建水师两万余官兵、两百多艘战舰，出征台湾。康熙二十二年六月十四日（1683年7月8日），施琅大军从福建东山岛出发，直扑澎湖。次日，台军哨船发现清军已到花屿、猫屿一带，赶紧回报刘国轩。当晚，施琅海军在澎湖南部的八罩岛过夜，并将该岛作为澎湖决战的清军大本营。十六日清晨，施琅率水师进攻澎湖娘妈宫港口，以速度快的鸟船当作先锋。当时受风势阻扰，清军不敢前进，只有以蓝理为首的7只舰队突入台军，施琅不得不派出第二波鸟船部队。交战不久后开始涨潮，一些清军船只被海水冲向岸边，台军趁势将舰队分成两翼包围清军。施琅见状赶紧突入郑军，想解救被围困的船只，却被台军一部包围。台军水师将领林陞则被清军大炮打断左腿，林陞的负伤让台军失去指挥，施琅借机撤离战场到西屿附近的海上休息。八罩岛，又名望安岛，位于澎湖南部，今天是澎湖县的一个乡经过十六日一天的激战，施琅率军于十七日返回八罩岛。八罩岛地形险恶，船只遇暴风很容易撞上岛边的暗礁，而农历六月又是容易发生台风的时节，不过施琅水师很幸运没碰到台风。刘国轩得知清军在八罩岛休息，亲自率军进攻，被施琅击退。十八日，施琅再度出击，派战船攻取澎湖港外围的几个小岛，为总攻澎湖排除障碍。十九日至二十一日，施琅水师在八罩岛休整了整整三天的时间。二十二日清晨七时，施琅决定发动总攻，他将主力舰队分成三路：中路共有56艘船，分成8队，每队有7艘船，由施琅亲自指挥，作为主力进攻刘国轩总部驻地娘妈宫。右路共有50艘船，由总兵陈蠎等从澎湖港口东侧东莳攻入鸡笼屿、四角屿，之后会合中央部队夹攻郑军。左路共有50艘船，作为佯攻兵力，由总兵董义等从澎湖港口西侧内堑攻入牛心湾，让郑军误判清军要在此地登陆。澎湖天后宫旧称娘娘宫、天妃宫、娘妈宫，施琅击败刘国轩后上表称“妈祖娘娘显灵襄助”，奏请康熙皇帝加封天妃为天后，故今称“天后宫”。受海上西北风影响，郑军顺着风势进攻，一度处于优势，清将朱天贵被炮击而死。至中午，台风受到赤道锋面带影响转为吹南风，风向转变成对清军有利。施琅遂命令全军反攻，顺着风势发射各种火器，以数船围攻台军一船，台水师全面崩溃，主要将领江胜战死、邱辉自焚。此役清军以阵亡329人、伤1800余人的代价，共毙伤俘郑军万余人，击毁、缴获战船190余艘。刘国轩眼见大势已去，率领残余部队从北面吼门退往台湾，澎湖各岛台军均向施琅投降。不久，延平郡王郑克塽率众薙发降清，南明东宁王国自此覆亡，结束在台湾22年统治。施琅攻台时台湾的政治中心是在台南，因此澎湖的战略地位尤其突出。目前由于台湾的政治中心已经北移，澎湖的守备变得相对松懈——澎湖陆军防卫指挥部兵力只有约8000人，下辖4个营和直属部队，名义上是一个军的编制，除此之外还驻有台湾海军146舰队、空军马公基地等。
总的来看，即使在当下，如何定位澎湖在《对台登陆作战》中的作用，仍是一个十分关键的课题。